免疫系は外から来た異物を排除しますが、それが臓器移植の障害になります。バーネットとメダワーは、胎児期や幼少期に異なる組織を体内に入れると、それを『自分の一部』として認識し拒絶しないことをマウスで証明しました。これを後天的（生まれた後に作られる）免疫寛容と呼びます。彼らの業績は移植医療の基礎を築き、免疫抑制剤やHLA適合検査の研究へと発展しました。また自己免疫疾患の仕組み解明にも大きなヒントを与えました。

バーネットは『クローン選択説』を提唱し、免疫細胞は遺伝的に固定された多様な受容体を持ち、自己反応性クローンは発生段階で除去されると予言しました。メダワーは皮膚移植モデルで、生後間もないマウスに他系統の細胞を注入すると成体になってからもその組織を拒絶しない事実を実証しました。この現象は胸腺でのT細胞成熟過程と深く関係すると後に判明し、『中心性寛容』という概念へと結びつきます。研究は免疫抑制剤（シクロスポリンなど）の開発、臓器・骨髄移植プロトコル、自己免疫疾患の病態解明など、基礎から臨床まで幅広い影響を与えました。さらに免疫チェックポイント阻害薬の副作用管理でも寛容メカニズムの知見が応用されています。

バーネットは抗体産生細胞のクローン選択理論を拡張し、自己反応性クローンのネガティブセレクションを想定した。メダワーはCBA↔A/Jマウス間の皮膚移植において、胎児期および生後48時間以内の細胞注入で特異的拒絶が消失することを示し、免疫学的キメラ作製という方法論を確立した。後続研究では胸腺摘出実験やミクログローミング解析により、T細胞レベルでの鈍感化（clonal deletion/anergy）が中心寛容の本態と同定された。これらの知見はmixed chimerism誘導プロトコル、Treg細胞拡大療法、CAR-T細胞の自己免疫リスク評価など、移植免疫・腫瘍免疫分野の設計指針となっている。